در بخش تحقیقات بیولوژی ملکولی و مهندسی ژنتیک متخصصین بیوانفورماتیک مرکز به طور اختصاصی بر بررسی توالی های نوکلوئوتیدی پرداخته و فرایند های طراحی پرایمر و آنالیز نتایج تعیین توالی و بررسی صحت ساختار های موجود در بانک ژنی مرکز را بر عهده دارند. ابتدا ساختار ژن و روشهای رایج برای بررسی بیماری و عامل ایجاد آن مورد مطالعه قرار می گیرد. پس از مطالعات کافی و بدست آوردن ارزانترین و آسانترین روش برای بررسی کار، طراحی پرایمر و … آغاز می شود. انتخاب محل مناسب برای پرایمرها با استفاده از نرم افزارهای گوناگونی انجام می گردد که این تنوع نرم افزارهای مورد استفاده سبب افزایش دقت کار می شود. پس از طراحی پرایمر و بدست آوردن نقشه کلی برای بررسی بیماری مورد نظر، پرایمرها برای سنتز سفارش داده می شوند. حدودا یک ماه طول می کشد تا پرایمرها سنتز و به مرکز تحویل داده شوند . پس از تحویل پرایمرها کار بررسی آزمایشگاهی (عملی ) شروع می شود.