تکنیکی کم هزینه، سریع و قابل تکرار بر پایه الکتروفورز می باشد که برای مطالعه و بررسی پروتئین ها مورد استفاده قرار می گیرد. روش SDS-PAGE به طور معمول برای تحلیل و بررسی مراحل خالص سازی و همچنین محاسبه مقدار نسبی و تعیین وزن مولکولی پروتئین ها بکار می رود. در تکنیک SDS-PAGE، به سبب وجود سدیم دودسیل سولفات (SDS) و همچنین ویژگی های عالی ژل پلی اکریل آمید، قدرت تفکیک پروتئین ها فوق العاده بالا می باشد.

مولکول SDS نوعی دترجنت آنیونی می باشد که به نواحی هیدروفوب پروتئین ها متصل شده و باعث دناتوره شدن آنها می شود. به عبارت دیگر، SDS با اتصال به پروتئین ها، بار طبیعی آنها را پوشانده و موجب توزیع یکنواخت بارهای منفی بر روی آنها می شود. همچنین به منظور خطی نمودن مولکول های پروتئینی در این روش، آنها را در مقداری SDS و ماده احیا کننده مرکاپتو اتانول برای از بین بردن باندهای دی سولفیدی قرار می دهند. بر اثر این اتفاقات، بعد از ران کردن در دستگاه الکتروفورز، جداسازی پروتئین ها تنها بر اساس وزن مولکولی آنها صورت می گیرد. بدین معنا که هرچه اندازه مولکول بزرگتر باشد، حرکت آن به دلیل اصطکاک با محیط اطراف کمتر خواهد بود. معمولا مولکول SDS بدلیل ساختار خاصش به قندها متصل نمی شوند، بنابراین پروتئین هایی که بخش قندی آنها بزرگ است، نسبت به وزن مولکولی خود SDS کمتری می گیرند که این موضوع باعث حرکت کندتر آنها بر روی ژل و در نتیجه تخمین وزنی بیشتر از وزن واقعی شان می شود. جهت حل این مشکل، می­توان SDS-PAGE را در ژل های دارای شیب غلظتی یا در سیستم های بافری تریس- بورات- SDTA به جای بافر معمول تریس- گلیسین قرار داد. بورات با اتصال به قندها، موجب افزایش میزان بار منفی گلیکوپروتئین شده و تا حدود زیادی کاهش اتصال به SDS جبران خواهد شد.

ژل پلی اکریل آمید نیز نقش بسیار موثری در تفکیک پروتئین ها با تکنیک SDS-PAGE دارا می باشد. دامنه وزنی قابل تفکیک در SDS-PAGE با توجه به قطر منافذ موجود در این ژل، متاثر از غلظت دو جزء سازنده آن (C, %T%) تعیین می گردد.