هیبریداسیون کروموژنیک در محل (CISH)
هیبریداسیون کروموژنیک در محل (CISH) نوع دیگري از هیبریداسیون در محل است که در آن از روش تشخیص سیگنال کروموژنیک تکنیک های ایمونوهیستوشیمی (IHC) نیز استفاده شده است. در کل، این روش بسیار شـبیه FISH می باشـد و هر دو برای تشخیص وجود و یا عدم وجود ناحیه خاصی از توالی نوکلوئیک اسیدی بکار می روند. امروزه هیبریداسیون در محــل بــا مــواد رنگــی غیررادیوا کتیــو روشی مقرون به صرفه تر از فلورسنت است و بیشتر مورد استفاده قرار میگیرد. در روش FISH، پروب DNA با یک برچسب فلورسنت ترکیب می شود و نتایج مطالعه در میکروسکوپ فلورسانس ارزیابی می شوند اما در تکنیـک CISH، پراکسیداز یا dUTP بیوتینیله به پـروب DNA متصل می شود و پـس از اتـصال پـروب بـه مولکول هدف، یـک وا کـنش رنـگ زا صورت میگیرد که امکان ارزیابی نتایج با میکروسکوپ نوری معمولی را فراهم می نماید.
از موارد کاربرد این روش می توان به تجزیه و تحلیل بیان ژن، تشخیص سرطان و مطالعات علوم اعصاب اشاره کرد.